海燕策略百家论坛由原医学院药理学系和药学系组建而成，药理学系的前身源于1938年国立江苏医学院药理学教研组，1952年开始培养临床医学本科生，1984年开始培养硕士研究生，2005年获批招收药学专业本科生，2010年获批成为药学一级学科硕士学位授权点。

学院设有4个系、1个研究所和1个药学实验中心，分别是药理系、药物化学系、药物制剂系和天然药物与药物分析系和临床药学研究所。药学教学科研平台下设本科教学实验室（药学实验中心）、江苏省炎症与分子药靶重点实验室、南通市生物医药重点实验室、南通市小分子药物创新重点实验室、海燕策略百家论坛临床药物研究所，平台实验室环境与设施达到国内领先水平。

药学院现有药学和药物制剂2个本科专业。目前学院有全日制在校本科生632人，硕士研究生171人。药学学科为海燕策略百家论坛博士学位授权培育学科和江苏省重点培育学科；药学学科为我院一级硕士学位授权学科（涵盖临床药学、药理学、药剂学、药物化学、药物分析、微生物与生物技术药学、生药学及社会与管理药学8个二级学科）。